Государственный музей-заповедник «Ростовский кремль» был основан 28 октября (10 ноября) 1883 года.
Музей располагается на территории архитектурного ансамбля бывшего Ростовского архиерейского дома (Ростовского кремля), который сформировался в результате строительной деятельности митрополита Ростовского и Ярославского Ионы III (Сысоевича) в 1670−1680-х годах.
Инициаторами создания музея выступили ростовские купцы, краеведы А. А. Титов и И. А. Шляков, архиепископ Ярославский и Ростовский Ионафан, ярославский губернатор В. Д. Левшин, представители Московского археологического общества.
С организацией в 1959 году Ярославского архитектурно-художественного музея-заповедника (г. Ярославль) Ростовский музей стал его филиалом, а в 1969 году получил статус самостоятельного музея-заповедника. Указом президента Российской Федерации от 24 января 1995 года № 64 музей-заповедник «Ростовский кремль» был включен в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов России.
В настоящее время это единственный федеральный музей на территории Ярославской области. Собрание насчитывает более 220 тыс. музейных предметов, объединенных в фондовые коллекции икон, живописи, археологии, тканей и др.
Посетителям предлагаются для осмотра уникальные архитектурные памятники, экспозиция ростовской финифти, историческая экспозиция, открытые фонды хранения археологии, реконструкция древлехранилища и разнообразные тематические выставки.