Храм Иоанна Богослова построен на средства прихожан в 1814 году на месте деревянного.
Церковь в селе Купань существовала еще в XVI веке, она упоминается в документах 1563 года.
Деревянная церковь в честь Иоанна Богослова была в Купани в конце XVIII века, до 1782 года при ней была деревянная церковь великомученицы Варвары.
Вместо деревянной церкви в 1814 году усердием прихожан был построен каменный двухэтажный храм. На верхнем этаже – престол в честь апостола и евангелиста Иоанна Богослова, на нижнем – великомученицы Варвары.
В советское время храм был закрыт, в 1996 году возвращён верующим.